Nouvelle approche moléculaire pour la détection simultanée des virus pathogènes aux framboisiers et aux fraisiers

L'objectif principal de ce projet a été de développer une méthodologie de détection moléculaire rapide, fiable et sensible qui assure l’identification des virus des framboisiers et des fraisiers. Ce processus de détection et d’identification des virus (PDIV) combine les techniques de SHD à des outils d’analyses bio-informatiques pour aider le phytopathologiste à faire un diagnostic. Les techniques SHD peuvent être basées sur la plateforme NextSeq d’Illumina ou MinION d’ONT selon des considérations techniques, économiques et d’efficacité diagnostique.
Les objectifs spécifiques du projet ont été de :
? Développer une collection d’échantillons de fraisiers et de framboisiers sains et virosés ainsi que de séquences génomiques de chaque virus ciblé;
? Comparer l’efficacité des méthodes diagnostiques ELISA et RT-PCR actuellement utilisées par le LEDP à celles d’un PDIV basé sur des techniques SHD. Ultimement, le PDIV conduira au développement d’un outil d’aide à la décision (OAD) pour le diagnosticien;
? Comparer les coûts d’implantation et d’utilisation des méthodes diagnostiques actuellement utilisées par le LEDP à ceux du PDIV + OAD;
? Former le personnel du LEDP et d'autres utilisateurs potentiels à l’emploi du PDIV, de sa base de données et de son interface conviviale, l’OAD.