Le MAPAQ travaille sur la surveillance Québécoise de la résistance aux fongicides de certains champignons phytopathogènes dommageables aux cultures. Dans ce contexte, une surveillance de la résistance aux fongicides de la moisissure grise, de la pourriture à maturité des baies, du blanc et du mildiou a été effectuée dans la vigne en 2024. Ce court sondage (4 questions) vise à connaitre les fongicides (connus pour développer de la résistance) que vous recommanderiez pour lutter contre ces maladies dans la culture de la vigne. Cette liste sera prise en considération pour l’analyse des portraits effectués en 2024. Merci de prendre quelques minutes pour nous transmettre vos réponses. Lire la suite

Le MAPAQ travaille sur la surveillance Québécoise de la résistance aux fongicides de certains champignons phytopathogènes dommageables aux cultures. Dans ce contexte, une surveillance de la résistance aux fongicides de la moisissure grise et de l’anthracnose a été effectuée dans la fraise en 2024. Ce court sondage (2 questions) vise à connaitre les fongicides que vous recommanderiez pour lutter contre ces maladies dans la culture de la fraise. Cette liste sera prise en considération pour l’analyse des portraits effectués en 2024. Merci de prendre quelques minutes pour nous transmettre vos réponses.   Lire la suite

Ce projet a consisté à répondre à l’objectif principal qui vise à évaluer la capacité d’identifier par séquençage à haut débit (SHD) des organismes phytopathogènes bactériens et fongiques qui infectent des pommes de terre et des plantes en grandes cultures, et en cultures maraîchères.  En partenariat avec le Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection du MAPAQ (LEDP) et le Laboratoire de phytopathologie du CEROM, nous avons obtenu et traité des échantillons provenant de nos partenaires entre 2019 et 2022. Nous avons validé les protocoles d’extraction d’acides nucléiques nécessaires selon le type d’échantillon, développé les protocoles de séquençage haut débit sur plateforme MiSeq et MinION (Livrable L3). Au total cinq systèmes de détection ont été retenus pour l’évaluation sur MiSeq et deux systèmes sur MinION. Des tests additionnels ont également permis d’évaluer l’approche NanoMiSeq permettant de soumettre moins d’échantillons en même temps à la phase de séquençage. Cette approche sera plus adaptée au débit analytique du LEDP en saison estivale. Nous avons de plus évalué une approche de préparation de librairie en une seule étape qui permet de réduire les coûts d’opération reliés à l’analyse par SHD. Nous avons également développé un nouvel outil informatique permettant de créer des bases de références taxonomiques en regroupant des séquences de plusieurs bases de données de référence publiques et selon le système d’amplification utilisé pour le SHD. Cet outil (ASVMaker) a été publié dans la revue « Plants » (Annexe 2-4). La base de données taxonomiques de référence spécifiques produite avec cet outil s’intègre dans notre stratégie de double identification (application pour les données obtenues par MiSeq et NanoMiSeq) Nos résultats montrent un fort potentiel des approches SHD pour identifier les genres pathogéniques ciblés (Livrable L2). Pour certains d’entre eux (essentiellement des genres fongiques), il est possible d’identifier des Lire la suite

Les maladies susceptibles de causer des dommages à la vigne sont causées par un large éventail d’organismes: phytoplasmes, virus, bactéries, levures, pseudochampignons et champignons. Ces organismes affectent les différents organes de la vigne, soit les racines, bois, sarments, feuilles et baies. Les symptômes visuels varient selon les conditions météorologiques, l’état de santé de la vigne (stress, carence), l’âge des organes affectés et la population de l’agent pathogène (taille et diversité génétique). Le diagnostic de ces organismes et des maladies qu’ils causent est donc complexe d’autant que certains de ces organismes peuvent être dans un stade ‘latent’ sans causer de symptômes apparents ou être plusieurs à affecter simultanément la vigne. De plus, certains des champignons pathogènes se sont adaptés aux fongicides, adaptation généralement exprimée par des mutations dans leur génome. Les individus résistants présentent des phénotypes semblables, ce qui rend le diagnostic visuel impossible. Par contre, il est possible de détecter les individus résistant à l’aide de tests moléculaires. C’est dans ce contexte que le projet a été réalisé et visait à développer des tests moléculaires qui permettent de détecter et d’identifier ces organismes ainsi que les mutations liées à la résistance aux fongicides. Les champignons ciblés sont les nouvelles espèces de Botrytis cinerea (pourriture de la grappe/moisissure grise), Elsinoë ampelina (anthracnose), Erysiphe necator (blanc), Guignardia bidwellii (pourriture noire), Phomopsis viticola (excoriose), les nouvelles sous–espèces de Plasmopara viticola riparia, P.v. aestivalis et P.v. vinifera (mildiou), Colletotrichum spp. (pourriture de maturité des baies), Greeneria uvicola (pourriture amère), Pilidiella diplodiella (rot blanc) et Pseudopezicula tracheiphila (rougeot parasitaire). Les deux premières années du projet ont permis d’évaluer la performance de deux kits d’extraction d’ADN commerciaux fréquemment utilisés par le laboratoire Lire la suite

L'objectif principal de ce projet a été de développer une méthodologie de détection moléculaire rapide, fiable et sensible qui assure l’identification des virus des framboisiers et des fraisiers. Ce processus de détection et d’identification des virus (PDIV) combine les techniques de SHD à des outils d’analyses bio-informatiques pour aider le phytopathologiste à faire un diagnostic. Les techniques SHD peuvent être basées sur la plateforme NextSeq d’Illumina ou MinION d’ONT selon des considérations techniques, économiques et d’efficacité diagnostique. Les objectifs spécifiques du projet ont été de : ? Développer une collection d’échantillons de fraisiers et de framboisiers sains et virosés ainsi que de séquences génomiques de chaque virus ciblé; ? Comparer l’efficacité des méthodes diagnostiques ELISA et RT-PCR actuellement utilisées par le LEDP à celles d’un PDIV basé sur des techniques SHD. Ultimement, le PDIV conduira au développement d’un outil d’aide à la décision (OAD) pour le diagnosticien; ? Comparer les coûts d’implantation et d’utilisation des méthodes diagnostiques actuellement utilisées par le LEDP à ceux du PDIV + OAD; ? Former le personnel du LEDP et d'autres utilisateurs potentiels à l’emploi du PDIV, de sa base de données et de son interface conviviale, l’OAD. Lire la suite

Les grandes cultures ainsi que les productions maraîchères et émergentes présentent de nombreuses maladies qui sont causées par des organismes pathogènes bactériens, fongiques et viraux. Aussi, pour identifier ces maladies, le processus de diagnostic en laboratoire est souvent long et complexe.  L’objectif de ce projet a été de développer un processus d’analyse employant le séquençage de nouvelle génération afin d’offrir une évaluation simultanée, quantitative et précise de chaque pathogène ciblé via une interface intuitive. Cette approche de diagnostic révolutionnaire contribuera significativement à réduire les délais reliés au diagnostic et permettra aux producteurs et aux conseillers agricoles de prendre des décisions rapides et éclairées quant à l’utilisation des pesticides.   Lire la suite

Les maladies susceptibles de causer des dommages à la vigne sont causées par un large éventail d’organismes: phytoplasmes, virus, bactéries, levures, pseudochampignons et champignons. Ces organismes affectent les différents organes de la vigne, soit les racines, bois, sarments, feuilles et baies. Les symptômes visuels varient selon les conditions météorologiques, l’état de santé de la vigne (stress, carence), l’âge des organes affectés et la population de l’agent pathogène (taille et diversité génétique). Le diagnostic de ces organismes et des maladies qu’ils causent est donc complexe d’autant que certains de ces organismes peuvent être dans un stade ‘latent’ sans causer de symptômes apparents ou être plusieurs à affecter simultanément la vigne. De plus, certains des champignons pathogènes se sont adaptés aux fongicides, adaptation généralement exprimée par des mutations dans leur génome. Les individus résistants présentent des phénotypes semblables, ce qui rend le diagnostic visuel impossible. Par contre, il est possible de détecter les individus résistant à l’aide de tests moléculaires. C’est dans ce contexte que le projet a été réalisé et visait à développer des tests moléculaires qui permettent de détecter et d’identifier ces organismes ainsi que les mutations liées à la résistance aux fongicides. Les champignons ciblés sont les nouvelles espèces de Botrytis cinerea (pourriture de la grappe/moisissure grise), Elsinoë ampelina (anthracnose), Erysiphe necator (blanc), Guignardia bidwellii (pourriture noire), Phomopsis viticola (excoriose), les nouvelles sous–espèces de Plasmopara viticola riparia, P.v. aestivalis et P.v. vinifera (mildiou), Colletotrichum spp. (pourriture de maturité des baies), Greeneria uvicola (pourriture amère), Pilidiella diplodiella (rot blanc) et Pseudopezicula tracheiphila (rougeot parasitaire). Les deux premières années du projet ont permis d’évaluer la performance de deux kits d’extraction d’ADN commerciaux fréquemment utilisés par le laboratoire Lire la suite

En production maraîchère au Canada, les fongicides de synthèse sont couramment utilisés pour lutter contre les maladies. Cependant, l’efficacité à long terme de ces fongicides est menacée par la résistance grandissante des populations d’agents pathogènes. Pour assurer le contrôle des maladies fongiques tout en limitant la quantité de fongicides appliquée, il est impératif de mettre en place des stratégies qui visent à réduire l’incidence des individus résistants. Cela nécessite une compréhension intime de la biologie des agents pathogènes ainsi que des coûts d’adaptation potentiellement associés à la résistance aux fongicides pouvant les affecter. Botrytis squamosa, l’agent causal de la brûlure de la feuille de l’oignon, est aussi influencé par le phénomène de la résistance aux fongicides, bien que peu de rapports récents en font état. De plus, plusieurs autres espèces appartenant au genre Botrytis se retrouvent dans les champs d’oignons, mais leur rôle dans la maladie de la brûlure de la feuille et les dynamiques de co-infections ont peu été étudiées dans ce pathosystème. Pour assurer un bon contrôle de la maladie, les programmes d’applications de fongicides devraient tenir compte du niveau de résistance aux fongicides des différentes espèces impliquées. À l’heure actuelle, ils sont basés sur la surveillance de B. squamosa uniquement, sans tenir compte du niveau de résistance aux fongicides. Afin de vérifier l’hypothèse de travail selon laquelle la résistance aux fongicides induit une baisse d’agressivité chez B. squamosa, deux objectifs ont été poursuivis dans ce projet : (1) déterminer la sensibilité d’isolats de B. squamosa aux huit matières actives homologuées suivantes: boscalid, pyraclostrobine, picoxystrobine, pyriméthanil, fluopyram, fluxapyroxade, fludioxonil, difénoconazole; (2) évaluer l’influence de la résistance sur l’habileté des isolats de B. squamosa à causer des lésions sur des plants d’oignons. De plus, afin de vérifier si la présence de B. cinerea Lire la suite