Nématodes à kyste : Des outils moléculaires pour suivre l’évolution des populations dans les champs

Les nématodes sont des vers microscopiques généralement bénéfiques pour le sol et leur présence est utilisée comme indicateur de santé. Cependant, les nématodes ont aussi leur pendant néfaste. Au Québec et en Ontario, la présence de nématodes à kyste dans les champs de pomme de terre (NKPT) et dans les champs de soya (NKS) préoccupe les agriculteurs. Ces nématodes s’attaquent aux racines de certaines cultures et causent de grandes pertes économiques. Depuis quelques années, la présence de ces ravageurs au Canada a conduit les chercheurs d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) à étudier les moindres détails de leur biologie et à développer des méthodes de détection et de caractérisation rapides. La découverte du nématode à kyste du soya au Québec est certainement une mauvaise nouvelle, mais c’est une bonne chose qu’on l’ait détecté aussi tôt, avant que les populations ne soient élevées. Cela nous donne le temps d’en parler aux producteurs et de mettre en place des stratégies permettant de limiter les impacts économiques.

 




Identifier la présence des nématodes à kyste
 Le travail actuel consiste en l’exploration de nouvelles méthodes prometteuses pour accélérer le repérage et la classification des populations virulentes de nématode à kyste. Parmi celles-ci, une méthode d’échantillonnage (« piler dirt sampling ») permettant de recueillir des échantillons de sol adhérant aux tubercules des pommes de terre lors de la récolte et de les analyser plus rapidement que par l’échantillonnage traditionnel. 

Les recherches se concentrent surtout sur la génomique des nématodes à kyste. Avec une équipe ralliant plusieurs expertises (bio-informatique, biologie moléculaire, nématologie, etc.), de nouvelles approches permettent de décrypter rapidement les informations génomiques des nématodes à kyste. Parmi ces développements, notons la mise au point de marqueurs génétiques pour identifier les pathotypes virulents ou quantifier l’abondance et la viabilité des populations de nématodes.  L’équipe de recherche utilise également ces données pour comprendre les étapes-clés du développement des nématodes et identifier des gènes qui seront ciblés dans le développement de nouvelles méthodes de lutte. La génomique est également utilisée afin d’anticiper l’évolution des populations dans un contexte de changements climatiques et pour faire des recommandations aux programmes d’amélioration génétique. Ainsi, les producteurs devraient avoir accès à des cultivars résistants aux nématodes à kyste et mieux adaptés à nos conditions climatiques d’ici quelques années.